John Rafter Lee atuou em produções no Mark Taper Forum, Noise Within e The Globe Theatre, em San Diego, além de interpretar Nathaniel Hawthorne na peça An American Romance do Road Theatre. Fora da região sul da Califórnia, ele se apresentou nos principais teatros de Seattle, participou do Tacoma Actors Guild e também trabalhou no New Mexico Rep. Sua voz aparece em Aeon Flux, na MTV, como Trevor Goodchild, o homem mais maligno do mundo; em Spawn, da HBO, como Jason Wynn, o homem mais malvado do mundo; e em The Black Mask, de Jet Li, onde dublou a voz do Comandante, o homem mais malvado do mundo. Ele também narrou centenas de audiolivros.