O Studio Bones Inc. foi fundado em outubro de 1998 por três ex-membros do estúdio Sunrise: o produtor Masahiko Minami e os animadores Hiroshi Osaka e Toshihiro Kawamoto. O trio buscava escapar das amarras comerciais que limitavam a produção apenas à venda de brinquedos, procurando um ambiente com liberdade criativa total para diretores e animadores. O nome "Bones" (ossos em inglês) foi escolhido para simbolizar a ideia de criar animes com uma estrutura fundamental e forte, servindo como base para o desenvolvimento de grandes ideias.