Naoyuki é o pai de Tomoya. A mãe de Tomoya, Atsuko Okazaki, morreu quando ele era jovem, deixando Naoyuki sozinho para cuidar dele. Após o acidente que mudou a vida deles, Naoyuki se tornou dependente do álcool e fumo, e brigas frequentes com seu filho eram um assunto cotidiano.

Numa discussão sobre coisas insignificantes, ele acabou batendo Tomoya contra a parede, deslocando o ombro direito de seu filho. Logo após isso, Tomoya se recusou a sair do quarto e só foi para o hospital quando finalmente concordou em ir. Ali, foi diagnosticado como intratável.

Desde então, Naoyuki tenta tratar Tomoya com mais carinho, mas não consegue superar sua própria natureza de pai distante. Isso machuca ainda mais o coração de seu filho, que se torna cada vez mais um delinquente, pois não pode mais participar das atividades de basquete e prefere evitar voltar para casa cedo demais para ser confrontado com seu pai.

Tomoya tem a intenção de fugir da casa dos seus pais, como revelou o caminho de Kotomi. Depois da História Clannad (Filme),