Kabuto Yakushi é o médico pessoal, assistente e braço direito geral de Orochimaru. Foi encontrado ainda menino por um chefe médico da Unidade Médica de Konoha, que o trouxe consigo para a vila e o criou como filho. Kabuto passou a atuar como espião para inúmeros países e organizações antes de ficar sob a tutela de Orochimaru.

Desde então, ele usava suas antigas afiliações para coletar informações em nome de Orochimaru, como participar dos Exames Chunin como ninja de Konoha para obter dados sobre seus companheiros. Apesar da sua lealdade aparente a Orochimaru, a personalidade verdadeira de Kabuto é difícil de discernir; ele frequentemente muda de um adolescente leve e educado para um maníaco distorcido e sádico que gosta de jogar jogos mentais com seus oponentes.

Embora geralmente obedeça às ordens de Orochimaru, não hesita em curar os inimigos do seu mestre ou tenta conversas educadas com Naruto Uzumaki quando se encontram. O próprio Orochimaru parece ter dificuldade para determinar os pensamentos de Kabuto e sugeriu que ele secretamente trabalha contra ele.

Kabuto é um ninja talentoso, sendo comparado a Kakashi Hatake em habilidade mais de uma vez. A maior parte da sua habilidade de luta está nos jutsus médicos ensinados por seu pai adotivo. Essas habilidades foram ainda mais aprimoradas pela lealdade a Orochimaru, permitindo que ele experimentasse em outros para aumentar seu conhecimento médico.

Como resultado, Kabuto consegue reativar células mortas em áreas concentradas e cultivar novas. Embora ele use essa habilidade em batalha para se recuperar imediatamente de ataques, ela também pode ser usada durante seus experimentos para manter os cobaies vivos por muito mais tempo do que o possível.

Durante a batalha dele com Tsunade, ela comenta que suas habilidades de luta e cura superam as dela quando ela tinha sua idade. Apesar de seus talentos, Kabuto sempre serviu aos outros, um destino com o qual ele está insatisfeito. Assim, após a derrota de Orochimaru, Kabuto integra os restos do seu mestre em seu corpo como forma de se tornar mais poderoso e não ser mais mera ferramenta dos outros.

Os restos desde então começaram a tentar tomar conta de seu corpo.