Nos eventos que se seguiram à Terceira Grande Guerra Shinobi, Hinoe acompanhou Danzou Shimura a uma reunião com Orochimaru após este ser preterido para o cargo de Hokage.

Com outros nove membros da Root, Hinoe recebeu a missão de assassinar Hiruzen Sarutobi antes que ele pudesse ser reintegrado como Hokage. Disfarçado de shinobi estrangeiro, ele lutou contra os Anbu que acompanhavam seu alvo, que acabou sendo um Kakashi disfarçado.