Isao Kondo é o comandante dos Shinsengumi. Quando não está no trabalho, ele se torna o perseguidor de Tae Shimura, ganhando o apelido de “perseguidor de gorilas”. Seu superior imediato é Katakuriko Matsudaira, alto oficial do governo sob controle direto do Bakufu. Embora os Shinsengumi sejam leais a Kondo, muitas vezes ele precisa recorrer ao vice‑comandante Toshiro Hijikata para acalmá‑los com palavras duras ou uso de violência antes de dar um discurso.

Kondo é bom amigo de Toshiro e de Sougo Okita; se um deles se perder, os outros dois o puxariam de volta para onde ele pertence, como Kondo já disse a Sougo. Sougo também observa que a atitude de Kondo pode ser sua fraqueza, pois ele raramente percebe pontos negativos nas pessoas ao seu redor. No arco Mutiny, Kamotaro Ito descreve-o como honesto, puro e ileso. Na mesma trama, Toshiro o chama de alma dos Shinsengumi, enquanto o resto da equipe representa a espada que o protege. Toshiro acrescenta que todos se juntaram aos Shinsengumi para ficarem com Kondo e que, enquanto ele estiver lá, os Shinsengumi não serão derrotados.

Em uma conversa, Kondo perguntou a Tae Shimura se ela ainda amaria seu namorado caso ele tivesse uma bunda peluda. Ela respondeu que também amaria o namorado dela, com bunda peluda e tudo mais; daí tornou‑se alvo da perseguição dele. Como perseguidor de Tae, Kondo costuma ser espancado ou ameaçado por ela, pois ela desaprova sua perseguição e afeição.

No arco Yagyuu, Kondo demonstra a intenção de se tornar cunhado de Shinpachi Shimura, chegando ao ponto de dizer que apenas Shinpachi confiaria no Shinsengumi – algo que irrita Shinpachi, que responde que não dá a mínima para o grupo.

Durante sua infância, Kondo era membro de um dojo em Bushuu. Lá ele rapidamente encontrou Sougo e Toshiro, recrutando os dois para seu dojo. Mais tarde, ele levou todos os membros consigo ao mudar de Bushuu para Edo em busca de sucesso, tornando‑se o que é hoje o Shinsengumi.

Alguns personagens da série costumam chamá‑lo de “gorila” por causa de sua natureza hirsuta; embora ele se irrite com esse apelido, às vezes usa a mesma palavra para se identificar. Kondo tem base em Kondo Isami, famoso comandante dos Shinsengumi no período Bakumatsu.