Enquanto tentava escapar de um caçador de Pokémon, Celebi encontrou Sam, que estava à procura de criaturas. Quando o caçador estava prestes a capturá‑lo, ele se teletransportou com Oak e acabou na época de Ash e seus amigos. Contudo, ainda havia perigo no presente: um membro da Equipe Rocket chamado Marauder, mascarado de ferro. Usando uma bola escura, o Marauder capturou Celebi para avançar em seus planos malignos. Com a ajuda de Ash e dos demais, Celebi foi libertado do Marauder de Ferro. Entretanto, parecia muito sombrio para ele; não conseguia se curar no lago onde já havia sido salvo antes. Felizmente, vários outros Celebis do passado e futuro vieram curá‑lo. Depois que foi recuperado, ele pôde voltar ao passado e levar Sam junto. Celebi também apareceu em Pokémon Chronicles. No episódio “Celebi and Joy”, ele levou Ritchie de volta no tempo para impedir a destruição de um Centro Pokémon.