Heero Yuy é um piloto de Gundam e Asa Zero. Conhecido como o Soldado Perfeito, ele foi treinado desde jovem para a batalha. Seu codinome é Heero, dado por seu líder caído da Colônia que está matando os Pilotos Gundam em vingança.

Após chegar à Terra, Heero conhece Relena Darlian, filha de um defensor da paz entre a Terra e as Colônias. Depois de se matricular na escola dela, ele acaba salvando sua vida várias vezes, o que o confunde sobre sua missão e sentimentos.

Seu primeiro aliado é Duo Maxwell, que ajuda Heero a recuperar seu Gundam do oceano. Ele sai sozinho por um tempo, atacando bases e acampamentos OZ. Seus principais rivais são Zechs Merquise e Treize Kushrenada, com quem ele tem várias batalhas ao longo da série.

Heero é conhecido por desaparecer após completar uma missão ou ter um encontro. Ele vive por suas emoções, como ele mesmo afirma várias vezes, e sempre pensa as coisas à medida que a história avança. Ele também foi referido como o coração do espaço pelo piloto Quatre Raberba Winner no final da série.