Kimihiro Watanuki, cujo nome em kanji significa “1º de abril”, é conhecido por sua personalidade volátil e carinhosa. Dependendo da pessoa com quem conversa, suas emoções tendem a ser exageradas. Ele vive sozinho porque os pais morreram quando era jovem; mas o que realmente complica sua vida cotidiana são os espíritos estranhos que só ele pode ver e que parecem atraídos por ele.
Aparentemente isso é hereditário: percebe‑se que seu sangue tem um odor agradável para os seres espirituais.

Em um dia típico, enquanto Watanuki é perseguido por uma legião de fantasmas, ele avista uma casa estranha da qual os espíritos são repelidos. Impulsionado a entrar, encontra Yuuko, que diz ser proprietária de uma loja que concede desejos em troca de um preço. Watanuki pede que os espíritos parem de persegui‑lo; Yuuko aceita, mas apenas se ele trabalhar como ajudante na loja até acumular tempo suficiente para que ela possa realizar seu desejo. Assim começa o trabalho de meio período de Watanuki.

Com o passar do tempo, ele conhece diversas pessoas que ajudam a moldar e mudar suas opiniões sobre o mundo, além de permitir‑lhe compreender a realidade sob a perspectiva de Yuuko, que também contribui para seu amadurecimento.