Shinji Ikari é o terceiro filho (em japonês, “Terceiro Filho”) e pilotou a Unidade 01. Ele nasceu de Gendo e da falecida Yui Ikari.

Abandonado por Gendo quando era criança, Shinji costumava fugir de situações complicadas. Como piloto, ele frequentemente entra em pânico e reage mal a eventos inesperados. Com o tempo e com o incentivo de Misato, ele aprendeu a ser menos covarde, mais direto e confiante.

O seu progresso foi interrompido quando ele foi compelido a matar a única pessoa que havia manifestado amor aberto por ele.

Seus únicos amigos são Toji e Kensuke, mas parece que ele se importa com Rei mais do que imagina, enquanto todos ao seu redor acreditam que seus sentimentos são claros.

Embora tenha uma relação com Rei, Asuka aparece como uma presença sexual na vida dele, sendo ao mesmo tempo mostrada como uma figura de grande importância emocional.

Apesar de não ser imediato, o relacionamento deles se torna uma força propulsora significativa para ambos ao longo da série.

Os trocas emocionais confusas geram culpa e tensão consideráveis para os dois.

Embora Asuka seja atraída por Shinji, ela teme admitir dependência de alguém; assim, ao invés de demonstrar carinho, ela provoca-o (frequentemente com toques sexuais), tentando “provocá-lo” para que iniciem um vínculo mais próximo.

Notavelmente, ela lhe entrega seu primeiro beijo (aparentemente por tédio), mas a edição final mostra que o gesto tinha um significado maior para ela do que aparenta.

Entretanto, por causa de suas próprias questões emocionais, Shinji não consegue perceber a real intenção das atitudes de Asuka; ele fica apenas confuso e magoado pela mistura de flerte e abuso.

Como Asuka o acusa e culpa continuamente, a reação mais natural dele é se afastar e se esconder, tanto emocional quanto literal.

Para piorar, Asuka fica cada vez mais frustrada pela falta de resposta de Shinji aos seus avanços; ela, então, aumenta a agressão contra ele, fazendo-o recuar ainda mais e perpetuando o ciclo vicioso.

O conflito entre eles atinge seu ápice no fim da trama, quando o estresse de Asuka a reduz a um estado totalmente retraído; Shinji tenta consolá-la, mas é rejeitado de forma fria.

Posteriormente, quando Asuka caiu ainda mais num estado de coma e Shinji também sofreu intensa pressão mental, ele se aproximou da cabeceira dela pedindo ajuda, apenas para terminar masturbando-se sobre o corpo parcialmente nu (e em coma).

Repleto de culpa e totalmente perdido em seu próprio ódio, ele mergulha num estado de retração total, semelhante ao que Asuka havia vivido antes.

No fim, ao optar por rejeitar a Instrumentalidade, Shinji percebe que Asuka é a única outra pessoa na Terra, e os dois acabam se reconciliarem de forma dolorosa.