Naoko Akagi era a mãe de Ritsuko e criadora do sistema MAGI, além de ex‑chefe técnico da Gehirn. Enquanto trabalhava na organização, desenvolveu um relacionamento romântico com Gendo Ikari. Quando Rei a chamou de “velha bruxa” e revelou que Gendo a chamava frequentemente, Naoko percebeu que ele estava usando seu afeto apenas para garantir seu desempenho. Em explosão de raiva, ela estrangulou Rei até a morte e depois se suicidou – ou foi assassinada por um assaltante desconhecido. Após o episódio, a Gehirn foi dissolvida e a Nerv surgiu em seu lugar. No volume 10 do mangá, Naoko é mostrada cometendo suicídio após matar Rei I; Ritsuko testemunha tanto o assassinato de Rei quanto o fim trágico de sua mãe.