Professor de metabiologia na Universidade de Kyoto, Kohzou Fuyutsuki agora ocupa o cargo de vice‑comandante da Nerv sob Gendo Ikari. Apesar da posição e da aparente facilidade de comando, ele não é militar. Em parte do diretor, revela‑se que teve algum tipo de treinamento médico, embora tenha perdido ou nunca obtido licença para praticar medicina. Não há indicações na série sobre relacionamentos amorosos ou dependentes.

No episódio “O Nascimento do Nerv”, em vários flashbacks, alguns de seus alunos e o professor superior no instituto (que inicialmente sugere que ele assuma o jovem e brilhante Yui Ikari como assistente de pesquisa) indicam que Fuyutsuki é mais sociável; isso sugere um acadêmico classicamente retirado, possivelmente solteiro a vida inteira. Pouco depois de iniciar sua associação acadêmica — platônica, carinhosa e solidária — com Yui Ikari, ele foi orientado pelos superiores da instituição para estabelecer uma relação semelhante com o então Gendo Rokoboungi.

Dadas as revelações posteriores sobre as décadas de maquinações da SEELE em todos os aspectos das ciências diretamente ou indiretamente envolvidas na Instrumentalidade (os Rolos do Mar Morto foram descobertos em 1947, portanto a conspiração mundial por trás das operações da SEELE teria existido apenas um pouco menos de tempo), é seguro dizer que o professor Fuyutsuki foi monitorado e alvo de recrutamento pela SEELE no início de sua carreira. Se as especulações sobre Yui ter sido, na verdade, uma membro júnior da SEELE através da influência de seu pai forem corretas, então a associação de Fuyutsuki com Gendo Rokoboungi/Ikari também foi planejada com bastante antecedência.

Sua introdução anterior a Rokoboungi/Ikari — levando-o como assistente de pesquisa, resgatá‑lo da prisão e mais tarde encontrando‑o novamente após o Segundo Impacto durante uma expedição de pesquisa para a área anteriormente ocupada pela Antártida — pode ser vista como passos em um procedimento de teste para determinar sua confiabilidade, discrição e inteligência em supor os objetivos da SEELE… e se ele seria realmente passível de tal recrutamento. A avaliação anterior de Fuyutsuki sobre a personalidade de Gendo Ikari (no corte do diretor, o subtítulo durante a lembrança de Fuyutsuki da reunião inicial na delegacia de polícia se refere a Rokoboungi/Ikari como “verdadeiro bastardo”) foi reforçada pela missão Antártica, durante a qual Fuyutsuki começou a suspeitar que os agora associados de Gendo Ikari em SEELE poderiam ser mais poderosos e perigosos do que ele percebeu originalmente.

A semente de dúvida plantada nessa viagem levou à descoberta da verdadeira natureza dos eventos que levaram ao Segundo Impacto e ao envolvimento da SEELE em iniciar aquela catástrofe. Depois que Fuyutsuki ameaçou expor Gendo ao público, em relação à enorme decepção sobre o Segundo Impacto, em 2003 (através de sua própria pesquisa), Gendo Ikari o levou para o GeoFront e Central Dogma e revelou-lhe um protótipo incompleto da Eva. Naquele momento, Ikari pediu a Fuyutsuki que se juntasse a ele e criasse um novo futuro para a humanidade, junto comigo. Fuyutsuki aceitou isso e começou a ajudar Gendo.

Não está claro se esse acordo foi totalmente idealista ou mais motivado pela autopreservação. No filme “The End of Evangelion” menciona-se que SEELE ameaçou Fuyutsuki com ser “desaparecido”; a implicação é de que este recrutamento pode ter sido uma escolha de Hobson. Apesar do ódio inicial de Fuyutsuki por Gendo, ele se torna a coisa mais próxima que Gendo tem de um confidente na série.

Em muitos episódios, Fuyutsuki pode ser visto como uma espécie de consciência externa para Gendo Ikari; apesar de sua natureza um pouco rude, ele está genuinamente preocupado com aqueles sob seu elogio, mas, tendo o conhecimento adicional dos verdadeiros objetivos da SEELE para a Instrumentalidade, deve equilibrar sua compaixão com a crueldade de Ikari em perseguir tanto a agenda da SEELE quanto a de Ikari de se reunir com seu Yui desencarnado. A dependência de Ikari de Fuyutsuki como confidente e tenente chefe é mostrada pelas muitas vezes que Fuyutsuki toma a iniciativa de agir sem esperar a direção de Ikari.

Como mencionado, enquanto obviamente gentilmente disposto a Yui, em todos os momentos Fuyutsuki manteve um comportamento profissional para com ela. Não está insinuado que o experimento Destrudo que “matou” ela e encobriu sua alma na Unidade 01 EVA tenha afetado ele. A profundidade de seus sentimentos por ela é revelada quando, imediatamente antes de desmaterializar em LCL durante a Instrumentalidade, Fuyutsuki testemunha uma imagem de Lilith‑como‑Yui que parece flutuar para baixo para abraçá‑lo, confortando-o na transição para um estado não corpóreo.