Yui é a mãe de Shinji Ikari e esposa de Gendo Ikari, além de ter sido uma brilhante bioengenheira que atuou no Projeto E na Gehirn. Ela também nasceu filha de um membro proeminente da Seele, o que lhe conferiu uma posição de destaque dentro da organização. Entre os personagens mais poderosos da série, Yui se destaca por sua gentileza, otimismo e natureza maternal, sempre mantendo a fé na humanidade e acreditando que vale a pena preservar e lembrar esses valores – algo que contrasta com a visão cínica dos demais integrantes do elenco.

Yui desenvolveu um relacionamento romântico com Gendo Rokubungi, um homem misterioso muito mais velho que ela. Os rumores obscuros sobre eles surgiram quando Gendo se aproximou de Yui apenas pelo seu talento e pela sua ligação com a Seele; no entanto, nas próprias palavras da própria Yui, ele era uma pessoa doce – embora ninguém saiba ao certo.

Ela iniciou suas pesquisas no Laboratório de Evolução Artificial em Hakone, Japão, que servia como fachada para o projeto secreto de pesquisa da Seele. Suas habilidades em bioengenharia foram direcionadas ao “Projeto Adam Revival”, mais conhecido como Projeto E. Em 2004, Yui voluntariamente se ofereceu como cobaia para o experimento de contato com a Eva-01 incompleta – decisão que tomou no outono do ano anterior. Ela trouxe seu filho Shinji, então com quatro anos, para o local do experimento, na esperança de “mostrar um futuro brilhante”. O experimento, ostensivamente parte da pesquisa da Gehirn sobre a criação de almas artificiais, acabou em um “acidente louco”: sua alma foi absorvida no núcleo da Eva e seu corpo reverteu para LCL.

Gendo tentou então uma “Operação de Salvamento” que buscava recriar o corpo de Yui e devolver sua alma ao organismo, mas a tentativa falhou, resultando na criação do primeiro Rei Ayanami. A alma de Yui permaneceu dentro da Eva-01 durante toda a série, enquanto Shinji pilotava a unidade contra os Anjos. Apesar das rígidas restrições impostas pela Nerv, a alma de Yui podia assumir o controle da Eva quando Shinji se encontrava em perigo extremo; seu domínio se manifestou em modo berserk, com um aumento significativo de poder e selvageria.

Ela agiu sozinha no episódio 1, protegendo Shinji das lâmpadas que caíam sobre ele. No episódio 2, assumiu o controle da Eva para derrotar Sachiel quando a unidade sofreu danos graves por parte do Anjo. No episódio 16, Yui entrou em contato com seu filho e tomou o comando da Eva antes que os sistemas de suporte de vida falhassem, quebrando e eliminando o 12º Anjo, Leliel. No episódio 19, contra o 14º Anjo, Zeruel, ela não só assumiu o controle e derrotou rapidamente o inimigo, mas também consumiu seu motor S2 no processo.

Quando o Terceiro Impacto aconteceu e Rei III rejeitou Gendo, o controle desse impacto foi transferido para Shinji e, em última análise, para Yui. Após a recusa de Shinji ao Projeto Instrumentalidade Humana, Yui pegou a Lança de Longinus e flutuou para o espaço, tornando-se um testemunho eterno da existência humana, assim como a Unidade 01.

Yui revelou a Gendo que acreditava que qualquer pessoa pode encontrar o céu se tiver vontade de sobreviver e alcançará a felicidade. Essa crença foi transmitida a Shinji primeiro em seu retorno ao mundo físico no episódio 20, e mais tarde na escolha dele de ser “vivo” (existindo como humano com um Campo AT) em vez de aceitar a Instrumentalidade.

As convicções de Yui também se refletem em seu relacionamento romântico com Gendo. O desejo de Gendo de estar associado à Seele levantou questões sobre se ele realmente amava Yui ou apenas a usava para chegar mais perto da SEELE. Contudo, o fato de cada ação dele ao longo da década posterior ter sido motivada por um desejo de reunir-se com Yui sugere que ele não estava apenas manipulando-a; inversamente, já que ela manteve alguns dos planos secretos de Gendo, pode ser que também a tenha usado.

No episódio 21, Yui descreve Gendo como “…uma pessoa doce. É que ninguém sabe.” Ela tem sua própria agenda, distinta da da Seele e, em última análise, diferente da de Gendo. Muito, mas nem toda a sua agenda é apresentada na série.

Depois que Yui presumivelmente se formou, ela casou com Gendo; este assumiu seu sobrenome. Ele se envolveu com a Seele, juntando-se à Expedição Katsuragi como auditor, embora não seja revelado o que Yui estava fazendo durante esse período. Quando Gendo voltou, eles tiveram um filho juntos, Shinji – e se fosse uma menina, teria sido chamado Rei. Yui morreu em 2004 como resultado de sua experiência de contato com a Eva-01, mas seu espírito permanece dentro da unidade como prova eterna da existência humana.