Gendou Ikari – antigo Gendo Rokubungi – é o comandante da NERV e lidera as pesquisas e desenvolvimentos dos Projetos E e de Instrumentalidade Humana. Ele é pai do terceiro filho, Shinji Ikari, que pilotou a Unidade Evangelion‑01. Além disso, ele protege Rei Ayanami, a Primeira Criança e piloto da Unidade Evangelion‑00, sendo a única pessoa em quem Rei confia no início da série.