Kaji, embora seja apenas um inspetor especial, trabalha em segredo para a SEELE, investigando as verdadeiras intenções do NERV. Ele é sempre chamado pelo sobrenome Kaji. Durante a faculdade, ele teve um relacionamento sério com Misato; depois de terminar há muito tempo, eles se reencontram na frota da ONU que transporta a Unidade 02 e seu piloto, Asuka Langley Soryu, ao Japão. Ao retornar à sede do NERV, Kaji e Misato reacendem o romance após um período de provocações e insultos; quando Misato confessa que terminou com ele porque percebeu que Kaji lhe lembrava de seu pai.

Kaji é baleado por um agressor desconhecido, descrito como “um terceiro grupo trabalhando para a SEELE ou para a Divisão de Inteligência do NERV” no episódio “Filme-book”. No mangá, o Comandante Ikari mata Kaji pessoalmente.