Kaworu Nagisa é o décimo sétimo Anjo e o quinto Filho. Apesar de ser classificado como anjo, ele se assemelha a Rei Ayanami na condição de semente da vida que habita um corpo humano. Mesmo com aparência humana, Kaworu não se considera humano; ele costuma chamar os humanos de “o Lilin”.

Ele parece cantarolar o quarto movimento da Nona Sinfonia de Beethoven – mesma música que toca quando desce ao Terminal Dogma – funcionando como leitmotiv do personagem. A sinfonia incorpora uma adaptação da Ode à Alegria, poema de Friedrich Schiller dedicado à unidade de todos os homens sob Deus. Quando abre as portas para o Terminal Dogma, a cena sincroniza com a frase “Und der Cherub steht vor Gott” (“E o cherub está diante de Deus”).

O corpo de Kaworu parece ter surgido da experiência de contato com Adam, na qual DNA de um doador humano desconhecido se fundiu à carne de Adam. Isso explica a descoberta de Hyuga de que Kaworu nasceu no dia do Segundo Impacto. SEELE salvou a alma desencarnada de Adam em Kaworu, possivelmente recuperando-a em forma embrionária na Antártida. A origem de Kaworu como filho de Adam é apenas intimista no anime, mas está claramente declarada no mangá de Sadamoto.

Desde que foi entregue ao Nerv pela SEELE, acredita-se que ele viveu sob vigilância da organização antes de sua aparição na série. Kaworu é trazido ao NERV para substituir Asuka, que já não pode pilotar a Unidade‑02. Ele consegue pilotar essa unidade porque sua alma permanece oculta. Em seu primeiro teste, Kaworu alcança resultados de sincronização impressionantes; mais tarde revela que pode atingir qualquer nível de sincronia que escolher com a Unidade‑02.