Kaworu Nagisa é o décimo sétimo Anjo e o quinto Filho. Embora seja classificado como anjo, sua natureza lembra a de Rei Ayanami, pois ele funciona como uma semente da vida que habita um corpo humano. Apesar de possuir forma humana, Kaworu não se considera humano; costuma chamar os humanos de “o Lilin”.

Ele parece cantarolar o quarto movimento da Nona Sinfonia de Beethoven — a mesma música que toca quando desce ao Terminal Dogma — servindo assim como leitmotiv para seu personagem. A sinfonia incorpora uma adaptação da Ode à Alegria, de Friedrich Schiller, poema dedicado à unidade de todos os homens sob Deus. Quando Kaworu abre as portas do Terminal Dogma, a cena está em sincronia com a linha “Und der Cherub steht vor Gott” (“E o cherub (anjo) está diante de Deus”).

O corpo de Kaworu parece ter sido criado pela experiência de contato com Adam: o DNA de um doador humano desconhecido entrou e se fundiu com a carne de Adam, explicando a descoberta de Hyuga de que Kaworu nasceu no dia do Segundo Impacto. A SEELE salvou a alma desencarnada de Adão em Kaworu; eles podem ter recuperado essa alma em forma embrionária na Antártida. Embora a origem de Kaworu como filho de Adão seja apenas intimista no anime, o mangá de Sadamoto esclarece esse ponto.

Desde que foi entregue ao NERV pela SEELE, acredita-se que Kaworu viveu sob vigilância da organização antes de sua aparição na série. Ele é levado à NERV para substituir Asuka, que já não pode pilotar a Unidade‑02; ele consegue pilotar o mecha porque sua alma está escondida. Em seu primeiro teste, Kaworu alcança resultados de sincronização impressionantes, e mais tarde se revela capaz de atingir qualquer nível de sincronização que escolher com a Unidade‑02.