Shinji Ikari é o terceiro filho (em japonês “Terceiro Filho”) que pilota a Unidade 01. Ele nasceu de Gendo e da falecida Yui Ikari. Quando criança, foi abandonado por seu pai, o que o fez fugir frequentemente de situações difíceis. Como piloto, entra em pânico e reage mal a eventos inesperados. Com o tempo e com o incentivo de Misato, aprende a ser menos covarde, mais franco e confiante. Seu progresso é interrompido quando é forçado a matar a única pessoa que já expressou abertamente amor por ele.

Seus únicos amigos são Toji e Kensuke, mas parece se importar mais com Rei do que imagina, embora todos ao seu redor pareçam pensar que seus sentimentos são óbvios. Apesar de sua relação com Rei, Asuka aparece como uma presença sexual em sua vida, sendo finalmente mostrada como figura de grande importância emocional para ele também.

Embora não seja imediatamente aparente, o relacionamento é força motriz poderosa para ambos ao longo da série. Seus confusos intercâmbios emocionais geram culpa e tensão para ambas as partes. Enquanto Asuka sente atração por Shinji, teme admitir dependência de alguém; então, em vez de expressar afeto, provoca-o (muitas vezes com tons sexuais), esperando “provocar” um relacionamento mais próximo.

Significativamente, ela lhe dá o primeiro beijo (supostamente por tédio, embora a edição do diretor indique que significava muito mais para ela). No entanto, devido aos próprios problemas emocionais, Shinji não reconhece as ações de Asuka como genuínas e fica confuso e magoado pela mistura de flerte com abuso.

Como Asuka constantemente o acusa e culpa, sua resposta natural é se retirar e esconder-se, tanto emocional quanto literalmente. Para piorar, Asuka sente cada vez mais frustração pelo fracasso de Shinji em responder aos avanços; então, por sua vez, aumenta o abuso, fazendo-o recuar ainda mais, perpetuando o ciclo vicioso.

O relacionamento tenso atinge ponto de ruptura no final da história, quando o estresse faz Asuka entrar em estado totalmente retraído. Shinji tenta confortá-la, mas é friamente rejeitado. Mais tarde, quando Asuka está em coma e Shinji sofre intensa coação mental, ele vai à sua cabeceira implorando ajuda, apenas para acabar masturbando-se sobre seu corpo parcialmente nu (e em coma). Cheio de culpa e perdido com o próprio ódio, entra em estado totalmente retraído, não diferente de Asuka mais cedo.

Em última análise, quando Shinji rejeita a Instrumentalidade, ele vê Asuka como única outra pessoa na Terra, e dolorosamente se reconciliam.