Yui Ikari é mãe de Shinji e esposa de Gendo, uma bioengenheira brilhante que trabalhou no Projeto E da Gehirn. Filha de um membro proeminente da Seele, sua presença na série se destaca pela gentileza, otimismo e maternalidade; a fé em preservar a humanidade contrasta com os personagens mais cínicos.

Ela teve envolvimento romântico com Gendo Rokubungi (Gendo Ikari), um homem misterioso e muito mais velho que ela. Rumores obscuros cercavam o relacionamento, mas Gendo aproximou‑se de Yui apenas pelo talento e pela ligação com a Seele. Apesar disso, nas próprias palavras de Yui, ele era uma pessoa doce: “É que ninguém sabe.”

Yui iniciou trabalhos no Laboratório de Evolução Artificial em Hakone, Japão, fachada para a organização secreta da Seele, Gehirn. Suas habilidades em bioengenharia foram empregadas no Projeto Adam Revival, mais conhecido como Projeto E.

Em 2004, Yui se ofereceu como cobaia para o experimento de contato com a Eva‑01 incompleta (decisão tomada no outono do ano anterior). Ela trouxe o então menino de quatro anos, Shinji, ao local do experimento para “mostrar um futuro brilhante”. O procedimento, ostensivamente parte da pesquisa sobre almas artificiais, resultou em um “acidente louco”: sua alma foi absorvida pelo núcleo da Eva e seu corpo se transformou em LCL.

Gendo tentou uma “Operação de Salvamento” para recriar o corpo de Yui e devolver sua alma ao organismo, mas a missão falhou, gerando o primeiro Rei Ayanami. Enquanto isso, a alma de Yui permaneceu dentro da Eva‑01 durante toda a série, com Shinji pilotando-a contra os Anjos. Mesmo sob as rígidas regras da Nerv, Yui podia assumir o controle do Evangelion quando seu filho estava em perigo extremo; sua presença se manifestava em modo berserk, um estado de poder e selvageria intensos.

Ela atuou sozinha no episódio 1, protegendo Shinji das luzes caídas, e no episódio 2 assumiu o controle para derrotar Sachiel quando a Eva‑01 foi gravemente danificada pelo Anjo. No episódio 16, Yui entrou em contato com seu filho e tomou o controle da Eva antes que os sistemas de suporte de vida falhassem, destruindo e matando o 12º Anjo, Leliel. No episódio 19, contra o 14º Anjo Zeruel, ela não só dominou a Evangelion e derrotou o Anjo rapidamente, mas também consumiu seu motor S2 no processo.

Quando o Terceiro Impacto ocorreu e Rei III rejeitou Gendo, o controle do impacto foi entregue a Shinji e, em última análise, a Yui. Após a recusa de Shinji ao Projeto da Instrumentalidade Humana, Yui pegou a Lança de Longinus e flutuou para o espaço, tornando‑se um testemunho eterno da existência humana, semelhante à Unidade‑01.

Yui revelou a Gendo que acreditava que qualquer pessoa pode encontrar o céu; basta ter vontade de sobreviver e alcançar a felicidade. Essa crença foi transmitida a Shinji primeiro em seu retorno ao mundo físico no episódio 20 e mais tarde na escolha dele de permanecer “vivo” (existindo como humano com Campo AT) em vez de aceitar a Instrumentalidade.

As convicções de Yui também se refletem em seu relacionamento romântico com Gendo; o desejo do homem de estar associado à Seele levantou dúvidas sobre se ele realmente amava Yui ou apenas a usava para chegar mais perto da SEELE. O fato de cada ação dele nas décadas seguintes buscar reunificação com Yui sugere que não era somente um uso; ao contrário, já que ela manteve alguns planos secretos de Gendo, pode ter usado‑o também. No episódio 21, Yui descreve Gendo como “uma pessoa doce… É que ninguém sabe.”

Yui tem sua própria agenda, distinta da da Seele e, em última análise, da de Gendo. Muito dela permanece oculto na série. Após se formar, casou‑se com Gendo; ele adotou seu sobrenome. Ele entrou na Seele, juntando‑se à Expedição Katsuragi como auditor, embora não seja revelado o que Yui fazia nesse período. Quando Gendo voltou, eles tiveram um filho juntos, Shinji (se fosse menina seria Rei). Ela morreu em 2004 devido ao contato com Eva‑01, mas seu espírito vive dentro da Eva como prova eterna da existência humana.