Gendou Ikari, antigo Gendo Rokubungi, ocupa o cargo de Comandante da NERV e lidera as pesquisas do Projeto E e do Projeto de Instrumentalidade Humana. Ele nasceu em 29 de abril de 1967, tem 48 anos, é pai de Shinji Ikari—terceiro filho e piloto da Unidade Evangelion‑01—e era casado com Yui Ikari, que faleceu. Além disso, Gendou atua como guardião de Rei Ayanami, primeira filha e piloto da Unidade Evangelion‑00, sendo a única pessoa com quem Rei mantém uma relação confiável no início da série.