Misato Katsuragi ocupa o cargo de chefe de operações da NERV, começando como capitão e sendo posteriormente promovida a major. Como comandante de campo dos pilotos das Evas, ela emite ordens e traça estratégias de batalha. Além disso, atua como guardiã de Shinji e Asuka, permitindo que eles residam em seu apartamento em vez de viverem sozinhos. Embora seja profissional e dedicada no trabalho, costuma ser desleixada e beber excessivamente quando está de folga.

Ela é a única sobrevivente da Expedição Katsuragi, o projeto científico liderado por seu pai que desencadeou o Segundo Impacto; o pingente cruz que ela usa foi presenteado pelo pai pouco antes de sua morte. Misato e Ryoji Kaji tiveram um romance na faculdade e reavivam lentamente essa relação ao longo da série. Também era amiga de Ritsuko Akagi durante a universidade, e a dinâmica entre elas se desenvolve à medida que Misato descobre mais sobre a NERV e a SEELE.