Aizen é um indivíduo educado, de fala suave e intelecto aguçado. Ele costuma tratar seus subordinados pelo nome próprio e raramente demonstra sinais de alarme ou angústia; suas ações são sempre meticulosamente planejadas. Quando confrontado, mantém uma postura casual e despreocupada, tentando puxar a conversa para algo trivial, o que frequentemente irrita quem se encontra com ele.

No início, Aizen parecia um capitão gentil e respeitado, admirado por muitos, sobretudo pelo tenente Momo Hinamori. Grande parte de sua carreira foi na 5ª Divisão, onde acabou tornando-se seu tenente sob o antigo capitão Shinji Hirako. O comandante Hirako manteve Aizen sob vigilância porque sentia que algo perigoso estava em jogo.

Há cem anos, as experiências de Aizen com híbridos Soul Reaper/Hollow envolveram um método desconhecido para transformar espíritos em buracos, culminando na criação dos Visoreds. Ele culpou Urahara pelo processo de “hollowificação” e o forçou a deixar a Sociedade Soul. Nesse período, conheceu Gin Ichimaru e Kaname Tōsen, atraindo-os para sua causa.

Posteriormente, tornou‑se capitão da 5ª Divisão; Ichimaru assumiu seu posto como tenente e braço direito. Ambos, mais tarde, ascenderam à posição de capitães das 3ª e 9ª Divisões, respectivamente, mas permaneceram leais apenas a Aizen. Segundo ele, mesmo quando Hinamori era seu tenente, considerava Gin como o único subordinado digno.

Em determinado momento, identificou potencial em Momo Hinamori, Izuru Kira e Renji Abarai, trazendo todos para sua divisão. Enquanto Kira e Hinamori mostraram-se obedientes e leais, tornando‑se tenentes das 3ª e 5ª Divisões sob Ichimaru e Aizen, Renji revelou rebeldia e foi transferido para a 11ª Divisão (e depois para a 6ª, onde também assumiu o cargo de tenente).

Quando Ichigo Kurosaki e seus aliados invadiram Seireitei em busca de Rukia Kuchiki, Aizen conseguiu obter o Hōgyoku com um plano elaborado que incluía a execução de Rukia e tentativas de resgatá‑la, manipulando a maioria dos capitães da Soul Society conforme sua vontade. Ao conquistar o Hōgyoku, declarou abertamente suas intenções.

Como principal antagonista da série, ele permanece em Hueco Mundo junto com Ichimaru e Tōsen, comandando um exército de Arrancar e Hollows; seu objetivo final é derrubar a Sociedade Soul juntamente com o Rei Soul e assumir o papel de divindade do mundo.