Shinji Ikari é o terceiro filho de Gendo e da falecida Yui Ikari, e pilotou a Unidade 01. Quando criança foi abandonado por seu pai e frequentemente fugia de situações difíceis. Como piloto, ele entra em pânico e reage mal a eventos inesperados. Com o tempo e com o incentivo de Misato, aprende a ser menos covarde, mais franco e confiante. Seu progresso é desfeito quando é forçado a matar a única pessoa que expressou abertamente amor por ele.

Seus únicos amigos são Toji e Kensuke, mas parece se importar mais com Rei do que imagina, embora todos ao redor considerem seus sentimentos óbvios. Apesar da relação com Rei, Asuka aparece como uma presença sexual em sua vida e acaba sendo uma figura de grande importância emocional para ele também. Embora não seja imediatamente aparente, o relacionamento deles funciona como força motriz poderosa para ambos ao longo da série. Os intercâmbios emocionais confusos geram culpa e tensão nas duas partes.

Enquanto Asuka é atraída por Shinji, ela teme admitir dependência; em vez de demonstrar afeto, provoca-o (muitas vezes com tons sexuais), esperando “provocar” uma aproximação mais íntima. Ela lhe dá o primeiro beijo – supostamente por tédio, embora a edição do diretor deixe claro que para ela significava muito mais. Devido a seus próprios problemas emocionais, Shinji não reconhece a verdadeira intenção de Asuka e fica confuso e magoado com seu flerte misturado ao abuso. Como Asuka o acusa constantemente, ele tende a se retirar emocionalmente e literalmente.

A frustração de Asuka cresce quando Shinji falha em responder aos seus avanços; ela aumenta o abuso, fazendo-o recuar ainda mais, perpetuando um ciclo vicioso. O relacionamento tenso chega ao ponto de ruptura no final da história: o estresse faz com que Asuka se retraia completamente, e Shinji tenta confortá-la apenas para ser rejeitado friamente. Mais tarde, quando Asuka entra em coma e Shinji sofre intensa coação mental, ele vai à sua cabeceira pedindo ajuda, mas acaba masturbando-se sobre seu corpo parcialmente nu (e em coma). Cheio de culpa e perdido em seu próprio ódio, ele entra num estado totalmente retraído, semelhante ao que Asuka vivenciou antes. Em última análise, quando Shinji rejeita a Instrumentalidade, encontra Asuka como única outra pessoa na Terra, e eles se reconciliam dolorosamente.