Yui Ikari é mãe de Shinji e esposa de Gendo, brilhante bioengenheira que trabalhou no Projeto E da Gehirn. Ela também era filha de um membro proeminente da Seele. Na série, Yui se destaca como presença poderosa: gentil, otimista e maternal, com fé na humanidade e convicção de que vale a pena preservar e lembrar. Seu relacionamento romântico foi com Gendo Rokubungi, homem mais velho que ela; embora rumores obscuros circulassem, Yui descreveu-o como uma pessoa doce – “É que ninguém sabe”. Em Hakone, Japão, Yui começou a trabalhar no Laboratório de Evolução Artificial, fachada da organização secreta da Seele. Suas habilidades em bioengenharia foram empregadas no Projeto Adam Revival, mais conhecido como Projeto E. Em 2004, ela se ofereceu voluntariamente como cobaia para o experimento de contato com o incompleto Eva‑01 – decisão tomada no outono do ano anterior. Trigando o experimento, Yui trouxe seu filho de quatro anos ao local para “mostrar o futuro brilhante”. O procedimento, parte da pesquisa da Gehirn sobre criação de almas artificiais, acabou em um acidente: sua alma foi absorvida pelo núcleo da Eva e seu corpo reverteu para LCL. Gendo tentou então uma “Operação de Salvamento” para recriar o corpo de Yui e devolver sua alma a ele; falhou, resultando na primeira Rei Ayanami. Ao longo da série, a alma de Yui permaneceu dentro da Eva‑01 enquanto Shinji pilotava o Evangelion contra os Anjos. Apesar das restrições do Nerv, sua essência podia assumir o controle do corpo da Eva quando Shinji estava em perigo extremo, manifestando-se em modo berserk – aumento intenso de poder e selvageria. Ela atuou sozinha no episódio 1, protegendo Shinji de cair nas luzes; na batalha seguinte (episódio 2), assumiu o controle e derrotou Sachiel depois que a Eva‑01 foi gravemente danificada pelo Anjo. No episódio 16, Yui se comunicou com seu filho e tomou posse da Eva antes que os sistemas de suporte de vida falhassem, rompendo e eliminando o 12º Anjo, Leliel. Finalmente apareceu no episódio 19 contra o 14º Anjo, Zeruel; além de dominar a Evangelion e vencer rapidamente o Anjo, também engoliu seu motor S2. Quando o Terceiro Impacto chegou e Rei III rejeitou Gendo, o controle do evento foi entregue a Shinji e, em última análise, a Yui. Após Shinji recusar o Projeto Instrumentalidade Humana, Yui pegou a Lança de Longinus e flutuou para o espaço, tornando‑se um testemunho eterno da existência humana – semelhante à Unidade 01. Em conversa com Gendo, Yui revelou que acredita que qualquer pessoa pode encontrar o céu se tiver vontade de sobreviver e alcançar felicidade; essa crença foi transmitida a Shinji primeiro ao retornar ao mundo físico no episódio 20 e depois quando ele escolheu permanecer “vivo”, existindo como humano com Campo AT em vez de aceitar a Instrumentalidade. As convicções de Yui também se refletem em seu relacionamento romântico com Gendo, embora o desejo dele de se associar à Seele levante dúvidas sobre se ele realmente amava Yui ou apenas a usava para chegar mais perto da SEELE. O fato de que todas as suas ações na década seguinte visavam reencontrá‑la sugere que não era mera exploração; ao mesmo tempo, mantendo alguns dos planos secretos de Gendo, ela pode ter usado-o também. No episódio 21, Yui descreve Gendo como “uma pessoa doce. É que ninguém sabe”. Yui tem sua própria agenda, distinta da da Seele e, em última análise, diferente da de Gendo. Muito, mas nem tudo é revelado na série. Depois de presumivelmente se formar, ela casou com Gendo, que adotou seu sobrenome; envolveu‑se com a Seele, juntando‑se à Expedição Katsuragi como auditor – embora não seja mostrado o que Yui fazia nessa época. Quando Gendo voltou, eles tiveram um filho: Shinji, e se fosse menina teria sido chamado Rei. Yui morreu em 2004 após o experimento de contato com a Eva‑01; seu espírito permanece dentro da Eva como prova eterna da existência humana.