Gendou Ikari, ex‑Gendo Rokubungi, lidera a NERV e conduz as pesquisas dos Projetos E e da Instrumentalidade Humana. Ele é o pai de Shinji, terceiro filho e piloto da Unidade Evangelion‑01. Também atua como guardião de Rei Ayanami, primeira criança e piloto da Unidade Evangelion‑00, sendo a única pessoa com quem Rei mantém uma relação confiável no início da série.