Kaworu Nagisa é o 17º Anjo e o 5º Filho. Embora seja classificado como anjo, ele se assemelha a Rei Ayanami por ser uma semente da vida que habita um corpo humano. Apesar de sua forma humana, Kaworu não se considera humano; ele chama os humanos de “o Lilin”. Ele costuma cantarolar o quarto movimento da Nona Sinfonia de Beethoven – mesma música que toca quando desce ao Terminal Dogma – servindo como leitmotif do personagem.

A Nona Sinfonia incorpora uma adaptação da Ode à Alegria, poema de Friedrich Schiller dedicado à unidade de todos os homens sob Deus. Quando Kaworu abre as portas para o Terminal Dogma, a cena está em sincronia com a frase “Und der Cherub steht vor Gott” – “E o Cherub (Anjo) está diante de Deus”. O corpo de Kaworu parece ter sido criado como resultado da experiência de contato com Adam: DNA de um doador humano desconhecido entrou e se fundiu com a carne de Adam, explicando a descoberta de Hyuga de que Kaworu nasceu no dia do Segundo Impacto.

SEELE salvou a alma desencarnada de Adão em Kaworu; eles podem tê‑lo recuperado na forma embrionária na Antártida. A origem de Kaworu como descendente de Adam é apenas intimista no anime, mas está claramente declarada no mangá de Sadamoto. Desde que foi entregue ao NERV pela SEELE, presume‑se que ele viveu sob vigilância da organização antes de aparecer na série.

Kaworu é levado à NERV para substituir Asuka, que não pode mais pilotar a Unidade-02. Ele só consegue pilotar o aparelho porque sua alma está escondida dentro dele. Em seu primeiro teste, Kaworu alcança resultados de sincronização impressionantes; depois se revela que ele pode atingir qualquer nível de sincronização que desejar com a Unidade-02.