Quando Kakyoin viajava pelo Egito, Dio Brando percebeu os poderes de Stand dele e pediu uma demonstração que acabou se transformando em combate. Posteriormente, Dio submeteu Kakyoin a lavagem cerebral, usando brotos das próprias células para fazê‑lo obedecer ao objetivo de eliminar Jotaro Kujo. A forma como ele executa o ataque a Jotaro varia entre o mangá e o OVA: no mangá (e no videogame) o assalto ocorre dentro de uma clínica escolar; no OVA, Kakyoin ataca usando o corpo de uma aluna que ocupa sua posição. Em ambos os cenários, ele acaba sendo derrotado por Jotaro, que logo percebe que estava sob controle de Dio. Para libertá‑o, Jotaro emprega Star Platinum e retira os botões de implantação de Dio na cabeça de Kakyoin, mesmo correndo o risco de ser atacado por ambos.

Assim que liberto, ele se une a Jotaro na missão de resgatar Holly e acabar com Dio no Egito. Seu Stand, Hierophant Green, permite ataques de longa distância e a liberação de uma explosão energética chamada Esmeralda Splash. Kakyoin costuma ser calmo e frequentemente aparece ao lado de Jotaro vestindo o uniforme escolar verde; ele sorri de forma despreocupada, embora se humilhe repetidamente e às vezes faça piadas grosseiras para descontrair.

Ele se afastava das demais crianças quando era pequeno, pois não confiava nas pessoas que não poderiam perceber seu Stand; parece que Dio foi o primeiro usuário que ele conheceu, fato que contribuiu para sua relutância e acabou levando ao implante de um botão. Durante a jornada, ele se conecta aos seus companheiros, atuando como assistente imparcial; na luta entre Polnareff e J. Geil, desempenha papel crucial ao agir rapidamente, mantendo‑se sereno e identificando o plano final de ataque que culminaria em sua derrota.

Kakyoin por conta própria elimina dois usuários de Stand, Tower of Gray e Death 13 (do qual ninguém recorda a memória), além de contribuir na derrota de D'Arby, o Jogador e de Dio Brando. Durante a batalha no Cairo, ele é morto por Dio; pouco antes de sucumbir, libera sua última Esmeralda Splash para demolir uma torre de relógio, enviando uma mensagem a Jotaro de que o mundo pode parar o tempo.