Kohzou Fuyutsuki é agora Vice-Comandante da Nerv sob a direção de Gendo. Mas ele não é um militar, apesar de sua posição profissional e aparente facilidade de comando. Na parte do diretor, revela-se que ele teve algum tipo de treinamento como médico embora tenha perdido ou nunca adquiriu uma licença para praticar medicina.

Não há indicação dada durante a série de relacionamentos amorosos ou dependentes. Em flashbacks no episódio O Nascimento do Nerv, alguns de seus alunos e o professor superior em seu instituto sugerem que ele seja mais sociável; isso sugere que Fuyutsuki seja um acadêmico classicamente retirado, e possivelmente um solteiro de toda a vida.

Pouco depois de começar sua associação acadêmica (e platonicamente carinhosa e solidária) com Yui Ikari, ele foi dirigido pelos superiores de sua instituição para iniciar um acordo semelhante com o então Gendo Rokoboungi. Dadas as revelações posteriores sobre aparentes décadas atrás dos cenários maquinações de SEELE em todas as ciências direta e indiretamente envolvidas no assunto da instrumentalidade, é seguro dizer que o Professor Fuyutsuki tinha sido monitorado e alvo de recrutamento pela SEELE no início de sua carreira.

Se as especulações sobre Yui realmente ter sido um membro júnior do SEELE através da influência de seu pai estão corretas, então a associação de Fuyutsuki com Gendo Rokoboungi/Ikari foi igualmente planejada com antecedência. Sua introdução anterior a Rokoboungi/Ikari, levando-o como um assistente de pesquisa, salvando-o da prisão, e depois encontrá-lo novamente após o Segundo Impacto durante uma expedição de pesquisa para a área anteriormente ocupada pela Antártida, pode ser visto como passos em um procedimento de teste para determinar sua confiabilidade, discrição e inteligência em ser capaz de supor os objetivos do SEELE... e se ele seria realmente passível de tal recrutamento.

A avaliação anterior de Fuyutsuki sobre a personalidade de Gendo Ikari (no corte do diretor) foi reforçada pela missão Antártica, durante a qual Fuyutsuki começou a suspeitar que os agora associados de Gendo Ikari em SEELE podem ser mais poderosos e perigosos do que ele percebeu originalmente. A semente de dúvida plantada durante essa viagem levou à descoberta da verdadeira natureza dos eventos que levaram ao Segundo Impacto e ao envolvimento da SEELE em iniciar aquela catástrofe.

Depois que Fuyutsuki ameaçou expor Gendo ao público, em relação à enorme decepção sobre o Segundo Impacto, em 2003 (através de sua própria pesquisa), Gendo Ikari o levou para o GeoFront e Central Dogma e revelou-lhe um protótipo incompleto Eva. Nesse ponto, Ikari pediu a Fuyutsuki para se juntar a ele e criar um novo futuro para a humanidade.

Fuyutsuki aceitou isso, e começou a ajudar Gendo. Se este acordo foi completamente fora do idealismo ou mais de auto-preservação não é deixado claro. No filme The End of Evangelion menciona-se que SEELE ameaçou Fuyutsuki com ser 'desaparecido'; a implicação é que este recrutamento pode ter sido uma escolha de Hobson.

Apesar do ódio inicial de Fuyutsuki por Gendo, é evidente que ele se torna a coisa mais próxima que Gendo tem de um confidente na série. Em muitos episódios, Fuyutsuki pode ser visto como uma espécie de consciência externa para Gendo Ikari; apesar de sua natureza um tanto rude, Fuyutsuki está genuinamente preocupado com aqueles sob seu elogio, mas tendo o conhecimento adicional dos verdadeiros objetivos da SEELE para a Instrumentalidade, deve equilibrar sua compaixão com a crueldade de Ikari em perseguir tanto a agenda de SEELE quanto a de Ikari escondida de se reunir com seu Yui desencarnado.

A dependência de Ikari de Fuyutsuki como confidente e seu tenente-chefe é mostrada pelas muitas vezes que Fuy