Gendou Ikari, anteriormente conhecido como Gendou Rokubungi, é um homem de 48 anos que ocupa o cargo de Comandante do NERV. Sua responsabilidade é supervisionar a pesquisa e desenvolvimento dos projetos E e Instrumentalidade Humana. É pai de Shinji Ikari, o terceiro filho e piloto da Unidade Evangelion-01. Além disso, ele é o guardião de Rei Ayanami, o Primeiro Filho e piloto da Unidade Evangelion-00. Ela é a única pessoa com quem Rei interage de forma confiável no início da série.