Yui é a mãe de Shinji Ikari e esposa de Gendo Ikari. Ela foi uma bioengenheira brilhante que trabalhou no Projeto E em Gehirn. Além disso, ela é filha de um membro proeminente da Seele.

Ela é uma das presenças mais poderosas da série e se destaca por ser gentil, otimista e maternal. Sua fé na humanidade e sua crença de que vale a pena preservar e lembrar são características que contrastam com as atitudes mais cínicas dos outros personagens.

Yui teve um envolvimento romântico com Gendo Rokubungi, várias vezes maior do que ela. Muitos rumores obscuros cercavam essa relação, mas segundo Yui, ele era uma pessoa muito doce. Ela não revelou mais sobre isso.

Na série de filmes de reconstrução, ela se refere a Ayanami como Yui em vez de Ikari. Depois que presumivelmente terminou seus estudos, ela casou-se com Gendo e este adotou seu sobrenome. Ele entrou para Seele e juntou-se à Expedição Katsuragi para servir como auditor.

Não é revelado o que Yui fazia durante esse tempo. Depois de Gendo voltar, eles tiveram um filho juntos, Shinji. Se ele fosse uma menina, seria chamada Rei.