Naoko Akagi era a mãe de Ritsuko. Ela foi a criadora do sistema MAGI e ex-técnica-chefe da organização Gehirn. Naoko estava envolvida em uma relação romântica com Gendo Ikari, que acabara de se tornar viciado, enquanto trabalhava em Gehirn. No entanto, quando Rei a chamou de "velha bruxa" e disse que o próprio Gendo a chamava com frequência, ela percebeu que ele estava apenas usando seus afetos para garantir seu desempenho para ele. Em um ataque de raiva, Naoko estrangulou Rei até a morte e logo depois cometeu suicídio ou foi assassinada por um assaltante desconhecido.

Logo após, Gehirn foi dissolvido e a organização Nerv foi formada em seu lugar. Em vol. 10 do mangá, Naoko é mostrado para ter cometido suicídio após matar Rei I. Ritsuko testemunhou o assassinato de Rei e o suicídio de Naoko.