Subaru é o mais novo de um par de gêmeos fraternos; seu irmão mais velho é uma garota chamada Hokuto. Seus pais, que nunca apareceram em cena, eram membros do clã Sumeragi, um grupo de Onmyouji que serviu ao Japão e aos imperadores por centenas de anos. Desde cedo, Subaru foi treinado para assumir o cargo de 13.º chefe do clã Sumeragi, sucedendo sua avó. Aos nove anos, ele ficou separado da irmã Hokuto por um ano de treinamento intensivo em Tóquio. No dia em que ascendeu ao comando, Subaru cruzou com um jovem estranho sob uma cerejeira; essa reunião seria mais tarde apagada de sua memória. A avó ordenou que ele usasse luvas a partir daquele momento e jamais deixasse ninguém ver suas mãos. O velho Onmyouji lançou um feitiço para impedir qualquer tentativa de removê-las. Subaru nunca tirou as luvas, sendo conhecido por usá‑las mesmo enquanto dormia.