Shintarou Kisaragi é o protagonista principal do mangá e irmão de Momo Kisaragi. Como hikikomori, ele tem dificuldade em lidar com pessoas e parece ser constantemente incomodado por Ene. Ele apareceu pela primeira vez em Jinzō Inemy como um jovem com QI 168. Antes de se tornar hikikomori, foi o melhor da classe nos exames simulados do ensino fundamental e médio. Depois de abandonar a escola, um software misterioso chamado “Ene” entrou no computador dele; incapaz de controlar suas ações, sua rotina desmoronou. Em uma das brincadeiras de Ene, o PC quebrou, levando os dois à loja de departamentos onde encontraram um grupo de terroristas. Assim, eles acabaram se juntando ao Dan Mekakushi.

Relacionamento com Ayano: na aula, Ayano sentou‑se atrás dele e, em um momento, ele a viu chorando sozinha; percebeu que era o verdadeiro eu dela, mas não a chamou. Mais tarde, quando Ayano tirou a própria vida, Shintarou culpou‑se por não ter chamado a ela, apesar de todos os pequenos gestos de ajuda. Por isso, sente que merece se tornar um hikikomori.

Habilidades visuais: na linha do tempo original ele não possuía poder ocular. Mais tarde, ao desejar reviver a tragédia, Mary lhe deu a “Cobra Olhos Retentores”, que permite lembrar tudo o que aconteceu em cada linha temporal já vivida. Esse poder só se ativa quando algo o desencadeia. Coincidentemente, a Cobra desempenha papel crucial para guiar o grupo até o verdadeiro final. Na linha real, ela assume a forma de Ayano e tenta ativar seu poder; uma vez bem‑sucedido, permite que ele lembre tudo e o conduza ao Heat Haze para salvar Ayano. Ao salvá‑la, eles confrontam a Serpente de Olhos Limpos.