Os Ameba Boys fizeram sua estreia no episódio 7. Apesar de seu nome, o trio é composto por dois homens e uma mulher. Eram três amebas comuns antes de serem atingidas por uma das Luzes Negras. Eles desejam ser verdadeiros criminosos, mas, como seus homólogos originais, não conseguem ter sucesso: seu tamanho—cerca do de um pé humano—é a principal razão para o fracasso constante e reflete sua própria incompetência.

Além disso, os Ameba Boys têm a capacidade de se fundir e crescer em uma ameba amarela gigante. Apesar de enorme, essa criatura é muito fraca para causar qualquer dano real. Como o Mojo, eles também precisam usar o raio de reversão; são únicos entre os vilões por nunca terem sido capturados pelas meninas.

Chapéu de Seda (Shirukuhattoo, Seiyū)
Este menino ameba lidera o grupo. Possui olhos verdes e pele azul. Como seu nome sugere, ele usa um chapéu e fuma um cachimbo. É equivalente ao Bossman, líder dos meninos Amoeba nas Powerpuff Girls originais.

Poncho, Poncho, Seiyū
Apesar do nome, não tem poncho; ostenta um chapéu de cowboy amarrado ao pescoço. Possui pele verde e olhos azuis que muitas vezes ficam escondidos pelo chapéu. Ele parece ser o cara durão do grupo, com referências possíveis a Clint Eastwood.

Senhora, Redi?
Como o nome indica, ela é a única mulher no trio. Usa um chapéu feminino adornado com uma rosa ao lado. Tem pele rosa e olhos amarelos, sendo a única ameba que usa batom. Atua como voz da razão dentro do grupo. Mais tarde, deixa os Ameba Boys e se junta à Princesa e à Sedusa no episódio 28. Nesse mesmo episódio revela-se que Lady pode inflar para a batalha, assumindo uma versão ampliada de si mesma que é escorregadia o suficiente para defender contra a maioria dos ataques; porém, se não tomar cuidado, ela estoura como um balão e precisa se reformar.