Hondou Eisuke apareceu logo após um dos confrontos de Conan com a Organização Negra, quando se revelou que o popular jornalista Mizunashi Rena era um de seus membros.

Ele se alistou na Escola Teitan e rapidamente fez amizade com Mouri Ran e Suzuki Sonoko, que notou a notável semelhança entre ele e Mizunashi.

Algum tempo depois, Eisuke visitou o pai de Ran em seu escritório, onde também encontrou Conan.

Depois de expressar um interesse vívido no trabalho de Mouri, Ran convidou Eisuke para vir a qualquer hora, muito ao desagrado de Conan, que logo se tornou suspeito dele.

A suspeita foi confirmada quando, em casos subsequentes, Eisuke cometia vários erros “incidentalmente” que contribuíam para a solução do caso relevante.

Eisuke é uma pessoa com muito azar: está constantemente esbarrando ou caindo em algo. Contudo, seu desajeitamento não impede um intelecto afiado e um talento aguçado para observação. Com poucas pistas, ele rastreou sua irmã desaparecida até o Hospital Central Haido, onde o FBI a mantinha sob vigilância, e ainda penetrou nas instalações para confrontar Mizunashi Rena — que na verdade era sua irmã Hondou Hidemi — antes de ser descoberto por Conan.

Ele descobriu que Shinichi e Conan eram a mesma pessoa antes mesmo de conhecer Conan e conseguiu forçar o revelador depois.

Com o tempo, Conan percebeu que Eisuke era realmente parente de Mizunashi. Ele veio para Tóquio em busca de pistas sobre o paradeiro da irmã, despertado por vê-la trabalhando como repórter por acaso.

Juntamente com Conan, Hidemi e Akai Shuuichi, ele aprendeu que sua irmã, junto com seu falecido pai, trabalhavam para a CIA contra a Organização Negra.

Após essa revelação, ofereceu-lhe um lugar no Programa de Proteção à Testemunha, que Eisuke recusou; porém decidiu seguir os passos da família e juntar‑se à CIA algum dia.

Sozinho com Conan, ele também confessou ter se apaixonado por Ran e desejava levá‑la para a América. Quando Conan protestou, Eisuke riu em voz alta, afirmando que a reação de Conan era a confirmação final que precisava: que Conan realmente era Kudō Shinichi, e que ele próprio havia sido responsável pelo sucesso de Kogoro adormecido.

Com essa revelação, pediu a Conan/Shinichi que cuidasse bem de Ran em seu lugar, prometendo manter o segredo.