Yui Hongo é a sacerdotisa de Seiryu, uma garota inteligente e madura que cursa o décimo ano e mantém uma amizade profunda com Miaka Yaki. Ela tem um coração apaixonado e costuma enxergar o mundo em preto e branco, ficando facilmente irritada quando percebe traição. Confiante e ousada em tudo que faz, Yui anseia por alguém que cuide dela.

No mangá é revelado que Yui cortou o cabelo para evitar a atenção constante dos meninos. Ela e Miaka são transportadas para “O Universo dos Quatro Deuses”, mas quase imediatamente retornam ao mundo real, onde Yui assume o papel de quem lê o livro para que os acontecimentos avancem. Entretanto, fica presa no volume enquanto tenta ajudar Miaka a voltar.

Bandidos capturam Yui e a deixam inconsciente; ao despertar, ela acredita ter sido estuprada e, perturbada, tenta suicídio. Nakago a salva e a convence de que Miaka é responsável por suas desgraças, deixando-a sem saber que ele a resgatou antes do ataque dos bandidos e que não havia sido violada. Ele manipula Yui para se tornar a Sacerdotisa de Seiryu, persuadindo‑a de que isso lhe permitirá vingar Miaka. Ela aceita, jurando lutar contra Miaka e eliminar seu amante Tamahome, ao qual Yui se sentiu atraída.

Depois de conjurar Seiryu, Yui usa seu primeiro desejo para selar os poderes de Suzaku, impedindo a convocação do deus e o uso dos guerreiros celestiais. O segundo desejo traz Miaka e ela mesma de volta ao mundo, na esperança de separar Miaka e Tamahome; porém Tamahome também chega junto. Ao descobrir que Nakago a manipulou todo esse tempo, Yui muda de ideia e emprega seu terceiro e último desejo para desativar o selo em Suzaku, permitindo que Miaka o convoque, mas acaba sendo absorvida por Seiryu.

Após a convocação de Suzaku, Miaka utiliza seu primeiro desejo para resgatar Yui, e as duas voltam a ser amigas. Depois dos eventos do “Universo dos Quatro Deuses”, Yui entra em um relacionamento duradouro com Tetsuya Kajiwara, amiga de Keisuke Yakki, que se apaixonou por ela enquanto acompanhava sua jornada lendo o livro.