Shun Ukiya, o protagonista da série, é um jovem estudante japonês que carrega permanentemente um curativo no nariz – a única exceção sendo sua aparição no capítulo final de Gatekeepers 21. Ele nutre uma profunda paixão pelo Kendo. Em um encontro casual com um ataque Invader próximo à sua cidade natal, Shun descobre possuir a habilidade de abrir o Portal dos Gales e encontra Ruriko Ikusawa, guardiã do portal e amiga de infância. Depois de revelar a existência dos Invasores e da AEGIS, ele é convidado a integrar essa organização.