O Dr. Onishi, normalmente chamado apenas de “o Doutor”, ocupa a posição de cientista chefe no projeto secreto de pesquisas psíquicas e também atua como conselheiro científico do Coronel. Ele pertence à segunda geração de cientistas que supervisionam o programa, após Akira ter eliminado o último membro. Sua curiosidade insaciável e negligência com o bem‑estar alheio são os fatores que desencadeiam e alimentam, desde o início, o poder destrutivo de Tetsuo.