Hayato Kisaragi é o protagonista principal da série CEM. Ele nasceu em Yamato e é irmão mais velho de Karen Kisaragi. Antes do Segundo Ataque, a família vivia na região de Yamato; depois, por causa do trabalho do pai, mudou para Gudenburg, onde fez amizade com Emilia Hermit. Quando os pais morreram, voltou para Yamato. Mais tarde, Hayato conseguiu uma bolsa na Little Garden sem pagar propina, desde que sua irmã mais nova receba o tratamento necessário devido à alta aptidão de CEM. Por ser uma variante, ele acabou matriculando-se no primeiro ano do Colégio Bugeika.