Takashi Natsume é o protagonista principal da série e, assim como a falecida avó Reiko Natsume, pode ver ayakashi (espíritos). Ele herdou o Livro dos Amigos dela, que contém contratos vinculando os ayakashi à servidão quando são derrotados por Reiko. Por causa da forte semelhança com sua avó, ele costuma ser confundido com ela e é perseguido por ayakashi que odeiam Reiko mas desejam o Livro dos Amigos. Para se livrar desse problema, Natsume decide terminar o livro devolvendo todos os nomes contratados aos antigos donos.

Ele conta com a ajuda do youkai Madara, chamado de “Nyanko‑sensei” (ou simplesmente “sensei”), que lhe promete posse do livro quando morrer; em troca, a criatura deve ser seu guarda‑costas até lá. Orfão desde pequeno, Natsume foi deixado de parente para parente. Sua habilidade de ver e se comunicar com ayakashi o isolou da família e dos amigos na infância. Foi rotulado como mentiroso e “procurador de atenção” por tentar contar sobre os espíritos, e suas tentativas de fugir do youkai fizeram com que fossem chamado de louco. Assim, Natsume tornou‑se recluso para tentar levar uma vida relativamente “normal”. Por fim, ele foi entregue aos Fujiwara, um casal de meia‑idade do lado paterno da família. Diferentemente dos parentes anteriores, eles realmente se importam com Natsume e ele os ama em troca.

Ele não quer causar problemas, então o assunto dos ayakashi permanece secreto. O poder espiritual de Natsume é tão forte que consegue machucar youkai. Ele faz amizades com espíritos e exorcistas, embora muitos tenham interesse apenas em usá‑lo a seu favor. No anime, Natsume aparece mais alegre e bem‑humorado; no mangá, ele tende a ser um pouco mais sombrio e temperamental, especialmente com Nyanko‑sensei.

Para devolver os nomes do Livro dos Amigos, Natsume precisa primeiro imaginar o ayakashi em sua mente para saber seu nome. O livro abre então na página onde está escrito, que ele retira e coloca na boca enquanto expira. O feitiço original que escravizava os espíritos usou a saliva e respiração de Reiko; como neto dela e com forte semelhança, Natsume pode usar o mesmo feitiço. Contudo, liberar cada nome drena quase toda sua energia.