Dr. Cain é o cientista e arqueólogo que descobriu Mega Man X em 14 de abril de 21XX. X estava alojado numa cápsula enterrada no subsolo do armazém abandonado do laboratório da Dra. Light, agora arruinado. Ele usou o design de X como base para os Reploids, criando o primeiro deles em 22 de novembro. Como Cain não conseguia compreender totalmente o modelo de X e os Reploids careciam de um diagnóstico semelhante ao dele, surgiram falhas que fizeram alguns deles se tornarem Mavericks (irregulares). Para combater esses Mavericks, foram fundados os Maverick Hunters. Sigma, a criação mais avançada do Dr. Cain, assumiu a liderança dos Maverick Hunters e, posteriormente, tornou‑se líder dos Mavericks. Cain Labs também desenvolveu o Dr. Doppler e a Repliforce. Após Mega Man X4, Dr. Cain não aparece novamente; presume‑se que tenha morrido de velhice ou por outras causas. No filme desbloqueável “Dia da Liberdade” em Maverick Hunter X, Cain possui um suporte vital que prolonga sua vida, com quatro tubos conectados à sua coluna. Ele foi atingido por uma explosão de mísseis lançada por Sigma; não está claro se sobreviveu. Pode ter sido destinado a morrer na nova continuidade do remake, mas nenhuma confirmação oficial foi feita.