Takeru Yagi vive na casa da família Touma desde a morte de seus pais. Ele foi criado por Touma Rokunosuke, o chefe da casa. Em seu entorno estão Yamato Takeshi, seu melhor amigo e rival do clube de kendo; as irmãs Shiratori, Kotono e Asuka; e Oosu Seri, amigo de infância. A vida era tranquila até que um terremoto atingiu a escola e tudo mudou. Takeru acorda para descobrir que a instituição parece ter sido abandonada há séculos, transformada em ruínas. Ele também percebe que todos os professores e estudantes sumiram.