Jubei Kibagami é uma homenagem ao lendário herói japonês Yagyu Jubei e foi criado por Yoshiaki Kawajiri. Ele ocupa o papel de protagonista na série, sendo um ninja itinerante que só queria descansar até se envolver em uma batalha entre Hiruko e o clã Kimon. Mais tarde, um membro do clã Hiruko lhe entregou uma Pedra Dragão, tarefa que ele deve cumprir ao entregar-a à donzela Shigure. Agora, Jubei embarca numa jornada para levar a pedra a Shigure e protegê-la tanto de Hiruko quanto do clã Kimon. Seu arsenal inclui katana, técnica de corte de vento, uso de arame e cabeçada.