Shintarou Kisaragi é o protagonista principal do mangá e irmão de Momo Kisaragi. Como hikikomori, ele tem muita dificuldade em lidar com outras pessoas e costuma ser constantemente incomodado por Ene. Primeiro aparece em Resposta Transparente. O jovem possui QI de 168 e, no ensino médio, já se destacava na sua turma nos exames simulados nacionais; porém, após o suicídio de um amigo próximo, Ayano, ele abandonou a escola no primeiro ano. Mais tarde, um software misterioso chamado Ene entra em seu computador e, sem conseguir controlar suas ações, ele perde o controle da própria vida. Em uma das brincadeiras de Ene, o PC dele quebra; então eles vão à loja de departamentos para comprar algo, onde acabam se encontrando com um grupo de terroristas. Juntos, param junto ao Dan Mekakushi. Depois disso, Shintarou e Ene se juntam ao Dan Mekakushi.