Gen Shishio é o filho mais novo da família Shishio e membro da Tropa Noturna. Ele é um Ayakashi Majiri que possui a forma de homem-lobo. Foi enviado para Karasumori por Masamori Sumimura com o objetivo de auxiliar Yoshimori e Tokine na luta contra Kokuboro.

Gen tem uma aparência séria, típica de um jovem adolescente, com olhos afiados – resultado de sua metade ayakashi – e cabelos pretos que lembram garras. Sua pele é escura. Durante as batalhas ele veste um traje ninja composto por calças roxas e um roupão de manga curta, com guardas nos braços e pernas; o uniforme carrega o símbolo da Estrela da Organização das Sombras. Quando está na Academia Karasumori, costuma usar apenas o uniforme escolar.

Ele possui uma tatuagem especial ao redor do corpo, concedida a ele quando era menino, para impedir que se transformasse totalmente.

Gen é um indivíduo muito solitário e relutante em confiar ou interagir com os outros. Dificuldade em compreender o comportamento alheio faz com que passe longos períodos observando e refletindo. Ele fica intrigado com a parceria entre Yoshimori Sumimura e Tokine Yukimura, já que suas famílias supostamente ainda estão em conflito, e não entende por que Yoshimori considera Tokine uma “garota assustadora”. Mesmo entre quem ele chama de amigos, Gen abre-se apenas parcialmente. Assim como Yoshimori, Gen não hesita em colocar sua própria vida em risco para proteger os outros; suas motivações vêm da confiança depositada nele por Masamori.