Miguel se junta à ZAFT para conseguir o pagamento médico necessário para seu irmão mais novo, que estava doente. Conhecido como “A Bala Mágica do Crepúsculo”, ele costuma pilotar um GINN personalizado de cor laranja, semelhante ao crepúsculo. Com a alta mobilidade desse GINN, seu estilo de combate se especializa em golpes mortais e ele é considerado um ace da ZAFT sob o comando de Rau Le Creuset.

Descrito como teimoso e arrogante, Miguel costuma subestimar seus adversários naturais. Participou da transferência da base de asteroides Nova para as plantações, embora achasse que não seria divertido. No entanto, enfrentou Mu La Flaga durante um ataque das Forças Terrestres.

Em janeiro de 1971, a classe Nazca Vesalius, comandada por Rau Le Creuset, foi enviada investigar a misteriosa destruição das bases de suprimentos da ZAFT. Enquanto patrulhava, Miguel descobriu o responsável pelos ataques: o mercenário da cauda de serpente Gai Murakumo.

O GINN de Miguel ficou danificado em combate com o GINN de Gai, forçando-o a mudar para um GINN padrão na ofensiva contra Heliópolis em 25 de janeiro. Durante esse ataque em Gundam SEED, ele tentou capturar o GAT‑X105 depois de ouvir de Athrun Zala que Rusty Mackenzie — piloto da ZAFT que deveria tê-lo assumido — havia sido morto e que a aeronave estava sendo pilotada por um soldado da Aliança Terrestre (Murrue Ramius).

No entanto, Athrun não mencionou que Kira Yamato, seu amigo de infância também no cockpit, era Coordenador como eles. Miguel pediu a Athrun que retirasse o GAT‑X303 Aegis de Heliópolis antes que fosse danificado e então tentou assumir o Strike sozinho. Murrue não era páreo para Miguel; ao ver que seus amigos Sai Argyle, Kuzzey Buskirk, Miriallia Haw e Tolle Koenig estavam nas proximidades da batalha, Kira assumiu o controle do Strike e lutou de volta, forçando Miguel a recuar depois de desativar a GINN do piloto da ZAFT.

Miguel puxou rapidamente o gatilho de autodestruição e abandonou seu GINN antes que explodisse.