Motoko Kusanagi é a mulher misteriosa, quase enigmática, que lidera há anos um grupo de SpecOps e foi recrutada por Aramaki para integrar a Seção 9. Pouco se sabe sobre ela: suas origens, data de nascimento… Ela não pode ter mais de 60 anos, pois a ciborgueização total ainda era rara na época. Desde muito jovem já estava completamente cibernética e, ao “crescer”, passou por diversos corpos artificiais. Isso, acima de tudo, explica sua notável destreza em controlar múltiplos corpos ciborgues simultaneamente. O que mais intriga é a sua habilidade como hacker: ela se sente tão confortável em um corpo cibernético quanto quando está sem ele, navegando na rede; oficialmente, é classificada como Super Wizard. Na série Stand‑Alone Complex não há registro de relacionamento romântico, mas no mangá original ela é bissexual e teve um romance com o líder da Seção 1 por algum tempo.