Yoshitsune nasceu durante a Rebelião Heiji, em 1159, quando seu pai e dois irmãos mais velhos foram mortos.
Sua vida foi poupada e ele passou a ser cuidado pelo Templo Kurama, situado nas montanhas de Hiei, perto da capital de Kyoto, enquanto Yoritomo era exilado para a província de Izu.
Mais tarde, Yoshitsune ficou sob a proteção de Fujiwara no Hidehira, chefe do poderoso clã regional Fujiwara em Hiraizumi, na província de Mutsu.
Espadachim habilidoso, ele derrotou o lendário monge guerreiro Benkei num duelo.
A partir desse momento, Benkei tornou-se seu braço direito e acabou morrendo junto com Yoshitsune no cerco de Koromogawa.
Em 1180, Yoshitsune soube que Yoritomo, agora líder do clã Minamoto, havia levantado um exército a pedido do príncipe Mochihito para combater o clã Taira—também chamado Heike—que havia usurpado o poder imperial.
Logo depois, Yoshitsune juntou-se a Yoritomo, juntamente com Minamoto no Noriyori; todos eram irmãos que nunca haviam se encontrado antes, na última das três contendas entre os rivais clãs samurais Minamoto e Taira, conhecidas como Guerra Genpei.
Em janeiro de 1184, Yoshitsune derrotou e matou seu primo rival, Minamoto no Yoshinaka, na Batalha de Awazu, em Omi; o mês seguinte, ele venceu os Taira na Batalha de Ichi-no-Tani, agora em Kobe.
No ano seguinte, 1185, Yoshitsune novamente derrotou os Taira na batalha de Yashima, em Shikoku, e os aniquilou na batalha de Dan-no-ura, na atual província de Yamaguchi.
Após a Guerra Genpei, Yoshitsune passou a apoiar o imperador Go-Shirakawa contra seu irmão Yoritomo.
Fugindo novamente para a proteção temporária de Fujiwara no Hidehira em Mutsu, Yoshitsune foi traído e derrotado na Batalha do Rio Koromo, sendo forçado a cometer seppuku junto com sua esposa e filha pelo filho de Hidehira, Fujiwara no Yasuhira.
Yoshitsune está consagrado no santuário xintoísta Shirahata Jinja, em Fujisawa.
Ele tem sido uma figura popular na literatura e cultura japonesa por ser o personagem principal da terceira seção do clássico literário Heike Monogatari (Conto do Heike).
O termo japonês que expressa simpatia por um herói trágico—Hougan-biiki—deriva de Yoshitsune, que recebeu o título Hougan da Corte Imperial.