Madoka Kugimiya é uma das três líderes de torcida da Academia Mahora e se certifica de que suas colegas, especialmente Sakurako, não acabem em encrenca. Ela adora gyūdon e acessórios prateados, e costuma escutar música ocidental – atualmente fã de Avril Lavigne. Não gosta de playboys e tem uma leve obsessão pela sua própria voz husky. O sobrenome Kugimiya costuma ser alvo de apelidos pelos colegas.

Durante o festival escolar, Madoka desenvolve um pequeno afeto pelo jeito juvenil de Kotarou. Ela demonstra grande proteção aos amigos, sobretudo a Ako, à qual incentiva a ganhar mais confiança. De forma irônica, quase atira em Ako quando força a garota tímida a confessar seu amor por Nagi (o adolescente Negi) diante de uma plateia no Concerto Live da Mahora. Felizmente para Ako e muito para o desconforto de Madoka, ela apenas pediu o endereço de e-mail de Nagi.

Madoka também participa do jogo “Mars vs. Mages” e fica entre as primeiras vítimas quando suas roupas são detonadas; ela é atingida pelas feixes dos robôs.