Pain é reconhecido líder da Akatsuki, parceiro de Konan e Tobi atua como seu beneficiário. Ele é a figura principal na cerimônia de selamento da besta.

O primeiro e líder “Pain” que aparece na série é na verdade Yahiko, um dos seis corpos animados coletivamente conhecidos como “Os Seis Caminhos da Dor”, todos controlados pela vontade de Nagato, de Amegakure. Em idade jovem, Nagato foi visitado em segredo por Madara Uchiha, que implantou seu Rinnegan no corpo da criança, concedendo-lhe a capacidade de usar habilidades poderosas baseadas nos seis caminhos budistas da reencarnação.

Órfãos de Amegakure, Nagato conheceu outros órfãos, Konan e Yahiko, antes de serem treinados por Jiraiya. Nagato desejava paz para o mundo, ajudando Yahiko a criar a Akatsuki para alcançar esse sonho compartilhado.

No entanto, uma armadilha colocada pelo ditador Hanzo resultou na morte de Yahiko, fazendo Nagato assumir o cargo de novo líder da organização. Embora o encontro tenha deixado Nagato ferido, a experiência de perder seu melhor amigo fez com que ele percebesse que a paz só poderia ser alcançada ensinando ao mundo a dor causada pela guerra.

Para isso, ele adotou o pseudônimo “Pain” para conquistar Amegakure e inventou os Seis Caminhos da Dor para superar sua deficiência e matar Hanzo, tornando‑se um “deus” aos olhos dos cidadãos de Amegakure. Tendo feito alterações cosméticas nos outros caminhos, tingindo seus cabelos para combinar com os de Yahiko, os Caminhos são todos equipados com uma série de piercings corporais que servem como meio para Nagato controlá‑los e dar-lhes aparência mais perigosa em relação à sua identidade.

Através do Rinnegan de Nagato, eles também podem compartilhar informações visuais e coordenar ataques. Jiraiya mais tarde confrontaria Nagato sobre seu papel como “Pain”, o líder da Akatsuki. Os dois brigam com Nagato descartando os ideais de seu antigo mentor, bem como matando‑o.

Durante o ataque de Pain a Konoha, os seis caminhos são derrotados por Naruto. Falando com Naruto, Nagato renova sua fé em seu falecido mestre e na possibilidade de paz. Nagato sacrifica sua vida para reviver as pessoas que matou em Konoha. Ele é ressuscitado por Kabuto e enviado ao lado de Itachi para lutar contra Naruto e Killer Bee, mas é devolvido à vida após a morte.

Atores de voz:
Nagato – Junpei Morita;
Young Nagato – Tomoaki Maeno;
Pain – Kenyuu Horiuchi;
Caminho de Animais Femininos – Shiho Hisajima.